GRID 2016
Distributed Computing and Grid-technologies in Science and Education 2016

Table of Contents

• Preface
  
  
• Committees
  
  

Plenary Reports

• Tier-1 CMS at JINR: Status and Perspective 1-14
  Nikolay Astakhov, Andrey Baginyan, Sergey Belov, Andrey Dolbilov, Aleksei Golunov, Iliya Gorbunov, Nataliya Gromova, Ivan Kadochnikov, Ivan Kashunin, Vladimir Korenkov, Valery Mitsyn, Igor Pelevenyuk, Sergey Shmatov, Tatiana Strizh, Elena Tikhonenko, Vladimir Trofimov, Nikolay Voitishin, Victor Zhiltsov
• JINR cloud infrastructure development 15-19
  Alexandr Baranov, Nikita Balashov, Konstantin Fedorov, Ruslan Gainanov, Nikolay Kutovskiy, Roman Semenov
• New developments of Distributed Computing Technologies in Moldova 20-25
  Peter Bogatencov, Grigore Secrieru, Nicolai Iliuha, Nichita Degteariov, Grigorii Horos
• Разработка прототипа базы знаний современного научного сообщества
  (Data Knowledge Base Prototype for Modern Scientific Collaborations) 26-33
  Maria Grigorieva, Vasily Aulov, Marina Golosova, Maksim Gubin, Alexei Klimentov
• UTFSM/CCTVal Data Center (10 Years of Experience) 34-39
  Yuri Ivanov, Luís Salinas
• Federated data storage system prototype for LHC experiments and data intensive science 40-47
  Andrey Kiryanov, Alexei Klimentov, Dimitriy Krasnopevtsev, Evgeny Ryabinkin, Andrey Zarochentsev
• Kipper – a Grid bridge to Identity Federation 48-53
  Andrey Kiryanov, Oliver Keeble, Andrea Manzi
• Grid Site Monitoring and Log Processing using ELK 54-61
  Alexandr Mikula, Dagmar Adamová, Martin Adam, Jiří Chudoba, Jan Švec
• Geographically Distributed Software Defined Storage 62-67
  Andrey Shevel, Sergey Khoruzhnikov, Vladimir Grudinin, Oleg Sadov, Arsen Kairkanov
• Future trends in distributed infrastructures – the Nordic Tier-1 example 68-73
  Oxana Smirnova

Sectional Reports

• Моделирование облачной инфраструктуры ЛИТ ОИЯИ и проверка модели
  (Modelling LIT Cloud Infrastructure at JINR and Evaluating the Model) 74-79
  Vagram Airiian, Vladimir Korenkov, Andrey Nechaevskiy
• Methods of Semantic Integration in Distributed Information Systems: Challenges of Application 80-84
  Yury Akatkin, Elena Yasinovskaya, Mikhail Bich, Andrey Shilin
• Development of database complex for the CBM experiment 85-90
  Elena Akishina, Evgeny Alexandrov, Igor Alexandrov, Irina Filozova, Volker Friese, Viktor Ivanov
• Grafana и Splunk как пример решения проблем визуализации данных в современных системах сбора информации
  (Grafana and Splunk as an example of the data visualization solution for the modern data taking systems) 91-96
  Evgeny Alexandrov, Igor Alexandrov, Mikhail Mineev
• Разработка и внедрение системы электронного документооборота "СЭД Дубна" в ОИЯИ
  (Development and implementation of electronic document management system "EDMS Dubna" at JINR) 97-102
  Igor Alexandrov, Oksana Belyakova, Vladimir Korenkov, Sergei Kuniaev, Lubov Pechnikova, Mikhail Plyashkevich, Sergei Semashko, Grigoriy Trubnikov, Pavel Ustenko, Svetlana Chikhalina, Alexander Yakovlev
• Оптимизация конвейерного рабочего потока задач секвенирования генома в биоинформатике с помощью инструментов организации вычислений Физики высоких энергий для грид и суперкомпьютеров
  (Optimization for Bioinformatics genome sequencing pipelines by means of HEP computing tools for Grid and Supercomputers) 103-108
  Vasiliy Aulov, Daniel Drizhuk, Alexei Klimentov, Ruslan Mashinistov, Artem Nedoluzhko, Alexander Novikov, Alexey Poyda, Fedor Sharko, Ivan Tertychnyi, Anthony Teslyuk
• Портал для организации обработки научных данных на гетерогенных вычислительных ресурсах в НИЦ «Курчатовский институт»
  (Portal for organization of scientific data processing on heterogeneous computing resources at NRCKI) 109-113
  Vasiliy Aulov, Daniel Drizhuk, Alexei Klimentov, Ruslan Mashinistov, Alexander Novikov, Alexey Poyda, Evgeny Ryabinkin, Ivan Tertychnyi
• Smart Cloud Scheduler 114-118
  Nikita Balashov, Alexander Baranov, Ivan Kadochnikov, Vladimir Korenkov, Nikolay Kutovskiy, Andrey Nechaevskiy, Igor Pelevanyuk
• Распределенная вычислительная сеть MarGrid на базе компьютеров республики Марий Эл
  (Distributed computing system MarGrid based on Republic of Mari El computers) 119-123
  Vladimir Bezrodnyi, Anatoly Leukhin, Nikolay Parsaev, Aleksandr Ivanov, Khoshim Rahmanov
• Особенности разделения процессов физического моделирования в континуально-корпускулярных вычислительных экспериментах
  (Features of physical distribution processes modeling in continuum-corpuscular computational experiments) 124-129
  Alexander Bogdanov, Alexander Degtyarev, Vasily Khramushin
• Creating distributed rendering applications 130-134
  Alexander Bogdanov, Andrei Ivashchenko, Alexey Belezeko
• Construction of visualization system for scientific experiments 135-139
  Alexander Bogdanov, Andrei Ivashchenko, Evgenia Milova, Konstantin Smirnov
• Improving Networking Performance of a Linux Cluster 140-144
  Alexander Bogdanov, Vladimir Gaiduchok, Nabil Ahmed, Pavel Ivanov, Ivan Gankevich
• User interface for a computational cluster: resource description approach 145-149
  Alexander Bogdanov, Vladimir Gaiduchok, Nabil Ahmed, Pavel Ivanov, Magdalyne Kamande, Amissi Cubahiro
• Инфраструктура и основные задачи дата-центра института физики НАН Азербайджана
  (Infrastructure and main tasks of the data-center of the institute of physics of the National Academy of Sciences of Azerbaijan) 150-155
  Aleksey Bondyakov
• Распределение заданий в Desktop grid: обзор подходов к проблеме
  (Scheduling in Desktop grid: review of approaches) 156-160
  Ilya Chernov
• Smart grid в энергетике: исследование возможных сценариев нетехнологических потерь электроэнергии
  (Smart grid in the energetics: survey of possible non-technical losses) 161-166
  Alexey Chuhrov, Anatoliy Minzov
• Automation of organizational and technical arrangements for scientific researches 167-171
  Alexander Degtyarev, Andrei Ivashchenko, Vladimir Korkhov, Nikolai Yuzhanin
• A continuous integration system for MPD Root: experiments with setup configuration 172-176
  Alexander Degtyarev, George Fedoseev, Oleg Iakushkin, Vladimir Korkhov
• Security Issues Formalization 177-183
  Vladimir Dimitrov
• Непрерывно-атомистическое моделирование процессов взаимодействия тяжелых ионов с металлами на высокопроизводительных вычислительных системах
  (Continuum-atomistic modeling interaction processes of heavy ions with metals using of high performance computer systems) 184-188
  Stefka Dimova, Igor Puzynin, Taisiya Puzynina, Zafar Tukhliev, Ivan Hristov, Radoslava Hristova, Tatiana Chernogorova, Zarif Sharipov
• Создание, поддержка и развитие модели интерпретации смыслов
  (Creating, Supporting and Developing of Model of Meanings Interpretation) 189-196
  Vladimir Dobrynin, Irina Filozova
• Simplified pilot module development and testing within the ATLAS PanDA Pilot 2.0 Project 197-201
  Daniel Drizhuk, Paul Nilsson, Wen Guan
• bwCloud: cross-site server virtualization 202-212
  Oleg Dulov
• Optimization of selected components in MPD Root: Capabilities of distributed programming techniques 213-217
  Anna Fatkina, Oleg Iakushkin, Olga Gasanova, Liliya Tazieva
• Эффективные алгоритмы построения и визуализации рельефа Земли и батиметрии Мирового океана
  (Efficient algorithms for construction and visualization of the Earth and the bathymetry of the oceans relief) 218-223
  Anna Fatkina, Vasily Khramushin
• Cloud platform for data management of the environmental monitoring network: UNECE ICP vegetation case 224-229
  Marina Frontasyeva, Nikolay Kutovskiy, Andrey Nechaevskiy, Gennadiy Ososkov, Alexander Uzhinskiy
• Операционная система Plan9 как реализация идеологии ГРИД
  (Operating system Plan9 as the implementation of the GRID ideology) 230-234
  Migran Gevorkyan, Ivan Gostev, Anna Korolkova, Dmitry Kulyabov, Leonid Sevastianov
• Центр управления многофункциональным информационно-вычислительным комплексом ОИЯИ
  (Operation center of the JINR Multifunctional information and computing complex) 235-240
  Alexey Golunov, Andrei Dolbilov, Ivan Kadochnikov, Ivan Kashunin, Vladimir Korenkov, Valery Mitsyn, Igor Pelevanyk, Tatiana Strizh
• Status of the RDMS CMS Computing 241-244
  Igor Golutvin, Andrey Kiryanov, Olga Kodolova, Vladimir Korenkov, Viktor Kotliar, Leonid Levchuk, Yevgeniy Lyublev, Grigory Safronov, Lyudmila Stepanova, Sergei Shmatov, Elena Tikhonenko, Victor Zhiltsov
• Distributed system for detection of biological contaminants 245-249
  Valery Grishkin, Konstantin Smirnov, Nikolai Stepenko
• Parallelization of a finite difference scheme for solving systems of 2D Sine-Gordon equations 250-255
  Ivan Hristov, Radoslava Hristova, Stefka Dimova
• Система мониторинга многофункционального информационно-вычислительного комплекса
  (The monitoring system of Multifunctional Information and Computing Complex) 256-263
  Ivan Kashunin, Andey Dolbilov, Alexey Golunov, Vladimir Korenkov, Valery Mitsyn, Tatiana Strizh
• Методика и алгоритм выбора стандартов для профиля интероперабельности в облачных вычислениях
  (The method and standard choosing algorithm for cloud computing interoperability profile) 264-270
  Sergey Ivanov, Alexander Oleynikov
• Phase Space-Based Imaging of Mass Data on Instantaneous Cardiac Rhythm 271-274
  Aleksandr Ivanov, Aleksey Kudinov, Sergey Mikheev, Viktor Tsvetkov, Il'ya Tsvetkov
• JINR Tier-1 service monitoring system: Ideas and Design 275-278
  Ivan Kadochnikov, Igor Pelevanyuk
• Evaluation of monitoring systems for metric collection in intelligent cloud scheduling 279-283
  Ivan Kadochnikov, Nikita Balashov, Aleksandr Baranov, Igor Pelevanyuk, Nikolay Kutovskiy, Vladimir Korenkov, Andrey Nechaevskiy
• Application of TRIE data structure and corresponding associative algorithms for process optimization in GRID environment 284-288
  Vladislav Kashansky, Igor Kaftannikov
• Оптимизация алгоритмов вычисления опционов на гибридной системе
  (Optimization algorithm for computing options for the hybrid system) 289-294
  Dmitry Khmel, Eduard Stepanov, Alexsandr Bogdanov
• Прикладные проблемы решения задачи вписывания многогранников
  (Applied problems of polyhedron inscribing task solving) 295-301
  Denis Kokorev
• Интеграция эксперимента ALICE и суперкомпьютера Titan, с применением системы управления потоками заданий PanDA
  (Integration of ALICE experiment and Titan supercomputer with using PanDA Workload Management System) 302-306
  Andrey Kondratyev
• Моделирование системы распределенной обработки данных эксперимента BM@N в составе комплекса T0-T1 NICA
  (Simulation of distributed data processing system for BM@N experiment of T0-T1 NICA project) 307-311
  Vladimir Korenkov, Andrey Nechaevskiy, Gennadiy Ososkov, Darya Pryahina, Yuri Potrebenikov, Vladimir Trofimov, Alexander Uzhinskiy
• IHEP cluster for Grid and distributed computing 312-316
  Viktor Kotliar
• Development of the active monitoring system for the computer center at IHEP 317-322
  Viktor Kotliar, Vladimir Anshukov, Victoria Ezhova, Victor Gusev, Anna Kotliar, Grigory Latyshev, Artur Shishov
• IHEP Tier-2 computing center: status and operation 323-327
  Viktor Kotliar, Victor Gusev, Vladimir Kukhtenkov, Nikolay Savin
• Parallel evolutionary algorithm in high-dimensional optimization problem 328-332
  Sofia Kotriakhova, Margarita Stepanova
• Virtual Clusters as a Way to Experiment Software 333-337
  Artem Krosheninnikov, Vladimir Korkhov, Sergey Kobyshev, Alexander Degtyarev, Alexander Bogdanov
• Инфраструктура безопасности в распределенных информационно-вычислительных системах на основе технологии блокчейн
  (Security Infrastructure for Distributed Computing Systems on the Basis of Blockchain Technology) 338-342
  Alexander Kryukov, Andrey Demichev
• Моделирование вычислений MPI-приложений на облачной инфраструктуре
  (Simulation of Cloud Computation MPI Applications) 343-348
  Nikolay Kutovskiy, Andrey Nechaevskiy, Gennadiy Ososkov, Vladimir Trofimov
• Использование программного пакета GULP на системах добровольных вычислений
  (Using General Lattice Program on the desktopgrid systems) 349-354
  Mikhail Posypkin, Nikolay Khrapov, Valeriy Rozen
• GRID and Quanputers 355-360
  Nugzar Makhaldiani
• Оценка точности расчета свойств поверхности GaN(0001) с использованием эмпирических потенциалов межатомного взаимодействия
  (The accuracy of empirical many-body potentials for evaluation of surface properties of GaN(0001)) 361-366
  Alexander Minkin, Andrey Knizhnik
• Design of nanomechanical sensors based on carbon nanoribbons and nanotubes in a distributed computing system 367-371
  Tudor Mitran, Camelia Visan, George Nemnes, Ionut Vasile, Mihnea Dulea
• PhEDEx – The Main Component in Data Management System for the CMS Experiment 372-375
  Valery Mitsyn, Nikolay Voytishin
• Calculation of ground states of few-body nuclei using NVIDIA CUDA technology 376-380
  Mikhail Naumenko, Vyacheslav Samarin
• Об использовании кластеров из одноплатных компьютеров для анализа данных в Интернете вещей
  (On usage of singleboard computer clusters for Internet of Things data analysis) 381-384
  Ilya Nikolsky, Kirill Furmanov
• PanDA for COMPASS: processing data via Grid 385-388
  Artem Petrosyan, Elena Zemlyanichkina
• Эволюционные алгоритмы оптимизации в задаче предсказания пространственной структуры пептидов (Evolutionary optimization algorithms in peptide structure prediction) 389-396
  Sergey Poluyan, Nikolay Ershov
• Параллельные программы библиотеки JINRLIB
  (Parallel programs in JINRLIB Library) 397-402
  Lyudmila Popkova, Alexander Sapozhnikov, Tatiana Sapozhnikova
• Шаблоны инженерных и научных расчетов
  (Patterns of engineering and scientific workflows) 403-409
  Alexander Prokhorov, Alexey Nazarenko, Andrey Davydov
• Планирование с наилучшим качеством для выполнения композитных приложений в гетерогенной вычислительной среде
  (Best-effort workflow scheduling in a heterogeneous environment) 410-415
  Alexander Prokhorov, Alexey Nazarenko
• Среда управления задачами KIAM_JOB_CONTROL и ее применение в облачных и GRID вычислениях
  (KIAM_JOB_CONTROL task management environment and its application to cloud and GRID computing) 416-422
  Dmitry Puzyrkov, Viktoria Podryga, Sergey Polyakov, Mikhail Iakobovskii
• Методы эйлеровой аппроксимации графов в задаче мониторинга коммуникаций
  (The eulerian graphs approximation methods for the problem of communications monitoring) 423-427
  Alexander Rappoport
• Технология очистки и трансформирования данных в рамках Knowledge Discovery in Databases (KDD) для ускоренного применения методов Data Mining
  (Technology of cleaning and transforming data using the Knowledge Discovery in Databases (KDD) technology for fast application of Data Mining methods) 428-434
  Yulia Shichkina, Alexander Degtyarev, Alexander Koblov
• Реализация крупноблочной схемы параллельного метода ветвей и границ для задач дискретной оптимизации средствами платформы Everest
  (Implementation of Coarse-Grained Parallel Scheme of Branch-and-Bound Algorithm for Discrete Optimization in Everest Platform) 435-440
  Sergey Smirnov, Vladimir Voloshinov, Oleg Sukhoroslov
• Регуляризация обратной задачи определения параметров нелокального переноса энергии в термоядерной плазме и ее решение методами оптимизации
  (Optimization and regularization methods in the inverse problem of parametric modeling of a non-local heat transfer in the fusion plasma) 441-446
  Alexander Sokolov, Vladimir Voloshinov
• Динамические виртуализованные вычислительные кластеры для ФВЭ в ИЯФ СО РАН
  (Dynamical virtualized computing clusters for HEP at Budker INP) 447-451
  Andrey Sukharev
• Использование ресурсов европейской грид-инфраструктуры в рамках платформы Everest
  (Using EGI Resources with Everest Platform) 452-457
  Oleg Sukhoroslov, Sergey Volkov
• Processing of multidimensional data in distributed systems for solving task of tsunami waves modeling 458-461
  Svetlana Sveshnikova
• Разработка эффективного алгоритма поточного запуска групп вычислительных задач на кластере
  (Development of algorithm for efficient pipeline execution of batch jobs on computer cluster) 462-467
  Iurii Tipikin
• Модели поведения участников сообщества BOINC.RU
  (Models of patterns of behavior of the participants of BOINC.RU community) 468-475
  Victor Tishchenko
• The parallel framework for the partial wave analysis 476-480
  Victoria Tokareva, Igor Denisenko
• Parallel implementations of image reconstruction algorithms for X-ray microtomography 481-485
  Victoria Tokareva, Andrey Gridin, Danila Kozhevnikov, Oksana Streltsova, Maxim Zuev
• Using grid systems for enumerating combinatorial objects on example of diagonal Latin squares 486-490
  Eduard Vatutin, Oleg Zaikin, Alexey Zhuravlev, Maxim Manzyuk, Stepan Kochemazov, Vitaliy Titov
• Построение миграционных изображений упругих сред на многоядерных вычислительных системах
  (Elastic Imaging using Multiprocessor Computer Systems) 491-495
  Oleg Voinov, Vasily Golubev, Igor Petrov
• Автоматизация наполнения контента репозитория JINR DOCUMENT SERVER
  (The Automation of the Content Filling for JINR DOCUMENT SERVER) 496-501
  Tatiana Zaikina, Olesya Egorova, Irina Filozova, Sergey Kunyaev, Genis Musulmanbekov, Roman Semenov, Galina Shestakova, Pavel Ustenko

Posters

• Geant4-based simulation of a micro-CT scanner using cloud resources 502-506
  Vladislav Andriyashen, Anton Gerasimov, Alexander Provorov, Michail Demichev, Danila Kozhevnikov
• Development of new security infrastructure design principles for distributed computing systems based on open protocols 507-511
  Yulia Dubenskaya, Alexander Kryukov, Andrey Demichev
• Распределенная модель бактериального поиска на основе марковских клеточных автоматов
  (Distributed model of bacterial foraging algorithm based on Markov cellular automata) 512-517
  Nikolay Ershov, Sergey Poluyan
• Accounting system for the computing cluster at IHEP 518-524
  Victoria Ezhova, Viktor Kotliar
• A continuous integration system for MPD Root: Deployment and setup in GitLab 525-529
  George Fedoseev, Alexander Degtyarev, Oleg Iakushkin, Vladimir Korkhov
• Jupyter extension for creating CAD designs and their sub-sequent analysis by the finite element method 530-534
  Oleg Iakushkin, Anna Kondratiuk, Olga Sedova, Valery Grishkin
• Использование технологии OpenCL для моделирования сейсмических процессов сеточно-характеристическим методом
  (Applying OpenCL technology for modeling seismic processes with grid-characteristic method) 535-540
  Andrey Ivanov, Nikolay Khokhlov
• Network traffic analysis for the computing cluster at IHEP 541-545
  Anna Kotliar, Viktor Kotliar
• Имитационное моделирование дорожного трафика с помощью сетей Петри
  (City traffic simulation by extended Petri nets) 546-551
  Irina Martynova, Nikolay Ershov
• From parallel to distributed computing as application to simulate magnetic properties-structure relationship for new nanomagnetic materials 552-556
  Sergiu Mohorianu, Mihail Liviu Craus
• YASTD: A Simple Set of CLI Tools to Manage Docker Containers 557-560
  Stanislav Polyakov, Alexander Kryukov, Andrey Demichev
• Распределенная программная система автоматического построения схемы городской транспортной сети
  (Distributed program system for automatic construction of the city traffic scheme) 561-566
  Natalia Puchkova, Nikolay Ershov
• Parametrization of the Reactive MD Force Field for Zn-O-H Systems 567-572
  Konstantin Shefov, Margarita Stepanova, Sofia Kotriakhova